Corre el año 2977 d.C. y la humanidad se ha estancado. Los robots hacen todo el trabajo, las masas se mantienen tranquilas gracias a mensajes subliminales y los funcionarios del gobierno son perezosos y sólo se preocupan por actividades recreativas como el golf y las carreras de caballos. El capitán Herlock ha desafiado esta mentalidad insípida, liderando a un grupo de rebeldes de ideas afines hacia una vida más aventurera a bordo de la nave espacial Arcadia. Una misteriosa fuerza conocida como los Mazone ha invadido la Tierra, adoptando la forma de misteriosas mujeres embozadas que matan a cualquiera que sospeche de sus nefastas acciones, como Tadashi Daiba, que ahora está en su lista negra. Después de que su padre, un científico, sea ignorado por el gobierno y asesinado por las Mazone, se une al capitán Herlock y a su variopinto grupo de piratas para ayudarles a salvar a la humanidad de la inminente amenaza alienígena.
