La película comienza con la cazarrecompensas Jane Flowers aparentemente matando a una criatura y llevándose su cabeza. Mientras se jacta en un bar, el autoproclamado "Cobra" se siente atraído por ella y la sigue. Ella duda de su identidad, ya que se dice que Cobra murió hace dos años y que tenía un arma especial llamada "Psychogun" en su brazo izquierdo. Cuando Cobra visita a Jane en su casa, la cabeza de la criatura los ataca, pero Jane finalmente la mata. Ella sospecha que un grupo criminal llamado "Gremio Pirata" es responsable del ataque, ya que está en su lista negra y anteriormente dejó la cabeza al cuidado de una organización de cazarrecompensas. Cuando el escuadrón de la muerte del Gremio los persigue, Cobra revela su arma característica para detener a sus enemigos. Este hecho se le informa a Crystal Bowie, la archienemiga de Cobra, y Jane revela que había estado buscando la ayuda de Cobra. Cobra y Jane se encuentran con Lady Armaroid, la compañera de Cobra, y abordan su nave espacial rumbo a Sido, un planeta donde Catherine, la hermana de Jane, está prisionera. Al llegar al planeta, Jane les cuenta que Catherine fue acusada falsamente y está en prisión por culpa del Gremio, por lo que necesita la ayuda de Cobra para infiltrarse y liberarla. Cobra entra solo, derrota a algunos enemigos, encuentra a Catherine, pero finalmente es capturado y criogenizado por Bowie. Mientras tanto, Jane es engañada y asesinada por Catherine, quien se enamoró de Bowie. Sin embargo, Cobra supera la temperatura de 400 grados bajo cero gracias al amor de Jane, según la interpretación de Catherine; escapa de la prisión y recupera el cadáver de Jane. Justo cuando Bowie está a punto de dispararles, Lady llega y rescata a Cobra