La larga guerra entre el planeta Tierra y los hombres-máquina finalmente ha terminado, dando como resultado una paz que es más una victoria para los hombres-máquina que para la Tierra. Warrius Zero perdió a su familia en la guerra contra los hombres máquina, pero a pesar de esto, todavía es miembro de la flota terrestre que ahora trabaja en conjunto con los hombres máquina. A su nave, formada tanto por humanos como por hombres-máquina, se le ha encomendado una tarea casi imposible: capturar al pirata espacial Capitán Harlock. Mientras Zero se esfuerza por cumplir esta tarea, comienza a surgir evidencia de que la paz entre los hombres-máquina y la Tierra puede no ser lo que parece...
