Akira Toudou, un estudiante de instituto que vive en el norte de Okinawa, lleva una vida tranquila junto a su madre y su hermana mayor, Haruka. Sin embargo, tras esa vida apacible se esconde un secreto que se ha transmitido de generación en generación en su familia: Haruka ha heredado un misterioso poder de su padre, conocido únicamente como «Engine», y ha pasado toda su vida ocultando ese poder a los demás. Akira, por su parte, no ha heredado nada. Sufre un complejo de inferioridad debido a su propia debilidad. Entonces, comenzaron a producirse extraños sucesos por todo el mundo. ¿Cuál es el propósito del enemigo desconocido que se cierne sobre Akira y sus amigos? Ahora, con el destino del universo en juego, un hermano que no tiene nada y una hermana que lo tiene todo deben descubrir de qué son realmente capaces juntos.
