El Dr. Oki, el genio científico que diseñó un nuevo tipo de submarino, ha desaparecido. Su hijo, Susumu, intuye que hay un plan malvado detrás de un grupo desconocido. Él lo sabe todo sobre el submarino de su padre, llamado «Super 99»: su equipamiento, sus armas, sus funciones y su capacidad. Susumu cree que encontrar a su padre es revelar la organización secreta, Helmet Party, y detener su conspiración. Con la ayuda de sus amigos y del Cuerpo de Marines, se embarca en una búsqueda submarina, sin saber lo peligroso que es su empeño.
