Tras la primera guerra entre la humanidad y la especie alienígena conocida como los «Worms», la Tierra es una sombra de lo que fue, con muchas masas continentales sumergidas y la pérdida de innumerables vidas humanas. Cuando los «Worms» regresan, casi todas las personas aptas para el servicio son reclutadas para unirse a la lucha desesperada. Otoha Sakurano, Eika Ichijou y Karen Sonomiya son tres jóvenes encargadas de formar una unidad de élite de «Sonic Divers»: soldados que utilizan una innovadora tecnología de exoesqueletos para mejorar su rendimiento en combate. Cuando su buque de transporte encubierto sufre una brutal emboscada, las chicas deben ponerse sus trajes y demostrar que su unidad tiene lo que hace falta para proteger a la humanidad.
