Mientras continúan su viaje por la región de Johto, Satoshi y sus amigos visitan Altomare, una ciudad insular que acoge cada año una carrera llamada la Carrera Acuática Pokémon. Mientras Takeshi y Kasumi se divierten, a Satoshi le suceden cosas extrañas: de alguna manera pierde la carrera acuática, ve a unas mujeres atacar a una niña con sus Pokémon y, a pesar de que la salvan, ¡la niña niega más tarde haber visto antes a Satoshi y Pikachu! Afortunadamente para Satoshi, su confusión se aclara cuando descubre que la chica que él y Pikachu salvaron anteriormente era en realidad un Pokémon llamado Latias, al que le gusta disfrazarse de su amiga humana, Kanon. Latias y otro Pokémon, Latios, son conocidos como los Pokémon Eon, ya que habitan y protegen Altomare junto con una mística esfera azul llamada Soul Dew. Una antigua leyenda de Altomare está muy relacionada con los Pokémon Eon y el Soul Dew, y es muy conocida entre los lugareños, así como entre las antiguas agresoras de Latias, las hermanas ladronas Zanner y Lyon. Cuando las ladronas intentan capturar tanto a los Pokémon Eon como al Soul Dew, Satoshi se ve obligado a actuar para evitar que provoquen un desastre en Altomare.
