Mii Snowdon se queda sola después de que su padre desaparece mientras investigaba el misterioso Pokémon con forma de letra llamado Unown. La única pista sobre la desaparición de su padre es una caja que contiene varias fichas. Mientras juega con estas fichas, Mii pide el deseo de volver a ver a su padre, y este deseo despierta a los Unown, que invocan al legendario Pokémon Entei, parecido a un león, para que actúe como su padre. Mientras tanto, Satoshi se dirige a Greenfield con su fiel compañero Pokémon, Pikachu, para reunirse con sus amigos, Kasumi y Takeshi. Cuando llegan a la zona, se sorprenden al encontrar el lugar cristalizado. Rápidamente se dan cuenta de que los Unown son los responsables de esto y que tendrán que derrotarlos para devolver a Greenfield su antigua belleza. La situación se vuelve personal cuando la madre de Satoshi es secuestrada por Entei. Para descubrir por qué se llevaron a su madre, Satoshi, junto con sus amigos y Pokémon, debe viajar por el paisaje cristalizado para enfrentarse a Entei y a los Unown.
