Una antigua profecía habla de un día en el que los titanes del hielo, el rayo y el fuego se verán perturbados. Cuando esto ocurra, Lugia, el guardián del mar, se levantará y restaurará la armonía. Encantado por las palabras de la profecía, Gelardan, un coleccionista de Pokémon, se embarca en su aeronave con un terrible plan para capturar a Lugia persiguiendo a estos tres titanes. Después de que Gelardan pone en marcha su plan, comienza a producirse un cambio climático drástico, con terribles tormentas que empiezan a aparecer por todo el planeta. Una de estas tormentas hace que el barco en el que viajan los entrenadores Pokémon Satoshi, Kasumi y Kenji se desvíe de su rumbo y aterrice en la isla Shamouti. Al llegar, a Satoshi le cuentan la antigua profecía y su destino como el elegido que ayudará a Lugia a restablecer el equilibrio en el mundo. Con el destino del mundo en sus manos, Satoshi debe reunir el valor para enfrentarse al caos que amenaza con destrozarlo todo y detener a Gelardan.
