Rune Balot es una adolescente en la miseria que se dedica a la prostitución en Mardock City. Un día, la recoge un ambicioso gerente de casino llamado Shell, que le da todo lo que podría desear. Renovada por una falsa inocencia, un pasado falso y ahora la vida falsa que Shell le ha dado, Balot se siente agradecida. Sin embargo, no puede evitar sentir curiosidad por saber por qué él ha hecho tanto por ella, así que investiga un poco sobre su pasado en un ordenador. Esto resulta ser un error que cambiará su vida por completo. Cuando Shell descubre lo que ha hecho, intenta quemarla viva haciendo estallar su coche. Debido a la elevada tasa de criminalidad en Mardock, una nueva ley llamada «Scramble 09» ha otorgado a la policía carta blanca para tomar medidas extremas y, en otras circunstancias, ilegales, con el fin de reanimar a los testigos de delitos. Teniendo esto en cuenta, permiten que un profesor resucite a Balot del borde de la muerte recomponiendo todo su cuerpo con fibra sintética reforzada. Cuando por fin despierta, su confuso estado mental acaba convirtiéndose en sed de venganza al descubrirse que Shell es su asesino.
