La historia de «Let's Go Kaiki-gumi» gira en torno a un protagonista sin nombre que es seis veces más vulnerable a los fenómenos espirituales que el ser humano medio. Un día, el protagonista conoce a Mechako, una misteriosa chica que dirige el Kaiki-gumi, una organización que vigila el comportamiento de los fantasmas y monstruos que amenazan a los seres humanos, y de alguna manera se ve envuelto en ayudar al Kaiki-gumi a reestructurarse, lo que da lugar a todo tipo de sucesos extraños y travesuras espeluznantes.
