En un futuro no muy lejano, la humanidad ha avanzado hasta un punto en el que es posible realizar trasplantes corporales completos, de carne a máquina. Esto permite un gran aumento de las capacidades tanto físicas como cibernéticas y difumina los límites entre ambos mundos. Sin embargo, los delincuentes también pueden sacar el máximo partido a dicha tecnología, lo que da lugar a delitos nuevos y, en ocasiones, muy peligrosos. En respuesta a estos nuevos e innovadores métodos, el Gobierno japonés ha creado la Sección 9, una unidad policial que opera de forma independiente y se encarga de este tipo de delitos altamente delicados. Dirigida por Daisuke Aramaki y Motoko Kusanagi, la Sección 9 se ocupa de este tipo de delitos en todo el espectro social, normalmente con éxito. Sin embargo, al enfrentarse a un nuevo hacker de nivel A apodado «El Hombre que Ríe», el equipo se ve envuelto en un peligroso juego del gato y el ratón, siguiendo el rastro del hacker a medida que este va dejando su huella en Japón.
