Tras el cierre del caso «Laughing Man», la Sección 9 es restablecida por la recién elegida primera ministra de Japón, Youko Kayabuki, para combatir la persistente amenaza del ciberterrorismo. Un grupo que se hace llamar «The Individual Eleven» ha comenzado a cometer actos terroristas en todo Japón. Mientras Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki, Batou y los demás miembros de la Sección 9 investigan esta nueva amenaza, el Gobierno japonés se enfrenta a otra crisis, ya que los refugiados extranjeros desplazados por la Tercera Guerra Mundial buscan asilo en Japón. Pero a medida que los miembros del equipo de operaciones especiales se encuentran continuamente con Gouda Kazundo, un miembro destacado del Servicio de Inteligencia del Gabinete, en su búsqueda, comienzan a sospechar que él puede estar involucrado y que los acontecimientos de la crisis de los refugiados y The Individual Eleven pueden estar más relacionados de lo que creen.
