Estamos en el año U.C. 0105, doce años después de la Rebelión de Char. «MAFTY» ha comenzado a oponerse al régimen tiránico del gobierno de la Federación mediante el asesinato de sus altos cargos. Su líder es, en realidad, Hathaway Noa, hijo de Bright Noa, quien luchó en la Guerra de un Año junto a Amuro Ray. Una chica llamada Gigi Andalusia, que muestra poderes sobrenaturales, le ha recordado a Hathaway un trauma del pasado. Aunque sus palabras lo dejan desconcertado, se prepara para llevar a cabo un ataque aéreo contra la conferencia de Adelaida, decidido a cumplir los objetivos de MAFTY y a dejar atrás su propio pasado. Atormentado por un trauma del pasado, Hathaway se siente atraído por la misteriosa chica Gigi Andalusia, cuyos extraños poderes despiertan recuerdos en su interior. Aunque se siente influido por sus crípticas palabras, sigue preparándose para la misión de MAFTY: el ataque a la Conferencia de Adelaida. Mientras tanto, Kenneth Sleg, de las Fuerzas de la Federación, prepara una operación de defensa para la Conferencia de Adelaida y un plan para eliminar a MAFTY, cuando Handley Yoxon, de la Organización de Policía Criminal, se pone en contacto con él con una propuesta secreta. Mientras Hathaway y Kenneth persiguen sus respectivos objetivos, Gigi también parte hacia Hong Kong para cumplir con su propio papel.