En un oscuro rincón del Japón feudal, una torpe joven que lleva una enorme caja busca a un legendario ninja. Esa chica es Rangiku Ayawatari, la única superviviente del clan Ayuwatari, y busca venganza contra el señor Sadayoshi Karimata, el hombre que masacró a su familia y robó los secretos de la preciada colección de marionetas de su padre. Sin embargo, en lugar del legendario ninja, Rangiku encuentra a Yasaburou Manajiri, un vagabundo perseguido por «ninjas inmortales», unos extraños guerreros intrépidos capaces de sobrevivir a golpes aparentemente mortales. Al descubrir que comparten un enemigo común, ambos se alían para derrotar al cruel señor y librar al mundo de unas extrañas marionetas que esconden un horrible secreto.
