Kannazuki no Miko comienza en el pueblo de Mahoroba, donde el tiempo transcurre lentamente tanto para los hombres como para la naturaleza. Dos estudiantes de la prestigiosa Academia Ototachibana del pueblo son como el día y la noche. Himeko es tímida y poco asertiva, mientras que Chikane es audaz y elegante. A pesar de ello, se quieren mucho y nada puede separarlas, por mucho que lo intenten. El día del cumpleaños de ambas, una voz siniestra corrompe a una de sus amigas para que las ataque, y justo cuando todo parece perdido, los poderes de las sacerdotisas lunar y solar que yacían dormidos en las dos chicas se despiertan, disipando el mal. Sin embargo, ese fue solo el primer obstáculo. Ahora, las dos deben defenderse de los innumerables enemigos que amenazan su bienestar, ¡incluso de las personas más cercanas a ellas!
