Estamos en el año 21XX. Los Reploids son ya algo habitual, desde que el Dr. Cain redescubrió el antiguo laboratorio del Dr. Light y basó varios diseños en la creación original de este último, llamada «Mega Man X». Por su parte, X se ha unido a los Cazadores de Mavericks y trabaja con el líder de la unidad, Zero, bajo el mando del general Sigma. Su misión es eliminar a los Reploids rebeldes, aquellos que se han vuelto violentos.
