Mikan Sakura es una niña normal de 10 años. Optimista, enérgica y, en general, muy dulce, Mikan es todo lo contrario de Hotaru Imai, una chica distante, inteligente y algo fría. A pesar de sus evidentes diferencias, las dos chicas son mejores amigas desde hace mucho tiempo. Así que cuando Hotaru se traslada de repente a la Academia Alice, una prestigiosa escuela de la ciudad, su mejor amiga queda devastada, sobre todo cuando oye los horribles rumores sobre el duro trato que la academia dispensa a los alumnos. Preocupada, Mikan se escapa para ir a ver a su mejor amiga. Al llegar, Mikan descubre la existencia de los «Alices», personas dotadas de diversas habilidades sobrenaturales, y que la escuela es una institución creada por el gobierno para formarlos y protegerlos. Al descubrir que ella misma tiene poderes únicos, Mikan se matricula en la academia y, tras muchas dificultades, finalmente se reúne con Hotaru. Gakuen Alice es una comedia conmovedora que sigue las aventuras de Mikan y sus amigos en la academia, así como su intento por descubrir los misterios que rodean al problemático estudiante Natsume Hyuuga, capaz de controlar el fuego.
