En 2035, se produce un incidente conocido como «The Burst» en un centro de investigación japonés, que da lugar a la rápida expansión, consumo y autorreplicación de la «Materia». Serpenteando a través de los restos de presas e instalaciones militares en el desfiladero de Kurobe, la hostil Materia es asediada por fuerzas especiales que intentan evitar que llegue al océano y por mercenarios que buscan la verdad detrás de su existencia. Aiko Tachibana vive bajo constante vigilancia médica tras ser rescatada de la Materia. Pasa sus días esperando su recuperación haciendo aviones de papel. Pronto, su vida cotidiana en la escuela se ve alterada por la llegada del estudiante transferido Yuuya Kanzaki, quien procede a señalar una serie de inconsistencias con respecto a su cuerpo. ¿Por qué nunca se lesiona y por qué de repente ya no necesita su silla de ruedas? Él afirma que hay más en su existencia de lo que le han hecho creer y que solo ella tiene la clave para acabar con The Burst. Con muchas facciones ahora interesadas en Aiko, ella y Yuuya deben reunir aliados y embarcarse en una peligrosa peregrinación al corazón del desfiladero infestado antes de que la red se cierre a su alrededor. Para escapar de la conspiración que se mueve en su contra, la pareja debe enfrentarse a la Materia, un enemigo que fluye como el agua.
